Mănăstirea Râșca este rezultatul mai multor etape succesive de construcții. Ea își trage originea în Manastirea Bogdanesti care fusese zidită în jurul anului 1363 de către domnitorul Bogdan I al Moldovei (1359-1365), ca să slujească ca biserică domnească în vecinătatea târgului Baia atunci întemeiat. Distrusă din temelie și pustiită de către tătari în 1510 și 1512 și apoi în 1538 de către turcii lui Soliman Magnificul, ea nu a mai putut fi reconstruită.

Revenit pe tronul Moldovei în anul 1541, domnitorul Petru Rareș (1527-1538, 1541-1546) a luat hotărârea, la îndemnul mitropolitului Grigorie Roșca, să construiască în apropiere, pe un deal aflat dincolo de râul Râșca o altă mănăstire, unde să mute întreaga obște de la Bogdănești. Domnitorul a dat bani episcopului de Roman, PS Macarie (cronicarul), după cum reiese dintr-o traducere târzie a pisaniei, să zidească o nouă biserică în stilul obișnuit al epocii. În construirea bisericii, PS Macarie a fost ajutat de către logofeții Ioan și Teodor Balș.

Mănăstirea Râșca a devenit metoc al Mănăstirii Probota. Biserica construită era de dimensiuni modeste și avea hramul Sf. Ierarh Nicolae. Ea a fost împodobită ca pe una din ctitoriile lui Petru Rareș, cu picturi în frescă  realizate de grecul Stamatello Kontras din Zante. De asemenea, au fost construite ziduri împrejmuitoare cu creneluri și turn, pentru a sluji la nevoie ca cetate. Sfințirea mănăstirii a avut loc la 9 mai 1542, fiind aduse atunci moaștele Sfântului Nicolae .

După învingerea lui Ioan Vodă cel Cumplit în Bătălia de la Roșcani din 11 iulie 1572, prin trădarea boierului Ieremia Golia, turcii și tătarii au invadat Moldova. La apropierea lor de Mănăstirea Râșca, călugării au coborât clopotele din turn și le-au aruncat în iazul din fața mănăstirii, ca nu cumva să le ia păgânii pentru a face gloanțe din ele. Apoi au fugit prin păduri pentru a se adăposti. Mănăstirea a fost prădată de tătari, ea rămânând în ruină timp de aproape 40 ani.

După mai bine de o jumătate de secol de la construirea sa, între anii 1611-1617, marele vornic al Țării de Jos, Costea Băcioc, soția sa, Candachia și fiica lor, Tudosca , a pus la dispoziție averea sa pentru refacerea complexului mănăstiresc, adăugând vechii biserici ,după cum stă scris în inscripția pusă de el deasupra intrării sudice, un pridvor masiv care a dublat aproape dimensiunile clădirii. Interiorul noii construcții a fost împărțit prin două arcuri transversale, însoțite de un brâu răsucit, în travee, deasupra celei mai largi, înălțându-se, prin mijlocirea unui rând de arcuri oblice, cea de-a doua turlă a bisericii. Cu prilejul acestor lucrări de extindere, a fost refăcută probabil și turla veche a naosului, schimbându-se radical înfățișarea biserici lui Petru Rareș. El a dispus repararea pe cheltuiala sa și a celorlalte corpuri ale mănăstirii: chiliile și clopotnița, precum și zidul înconjurător.

Pe peretele sudic al pridvorului, deasupra ușii de intrare în biserică, a fost pusă o pisanie pe care scrie cu caractere slavone următoarele: Cu ajutorul Fiului și cu săvârșirea Sfântului Duh s-a început acest pridvor și cu stăruință s-a zidit în numele Sfântului Ierarh Nicolae, făcătorul de minuni, cu zidirea și cu ordinul dumnealui Costea Băcioc, mare vornic al Țării de Jos și cu principesa Candachia și s-a început a se zidi în zilele bine credinciosului domnitor Io Constantin Moghilă voievod la anul 1611 iunie 7 zile și cu voia lui Dumnezeu s-a săvârșit în zilele binecredinciosului domnitor Io Radu Mihnea voievod, la anul 7126 (1618) luna septembrie 30, pentru aceasta rog să vestiți toate.

Inițial o ctitorie domnească de proporții modeste, mănăstirea s-a dezvoltat ulterior, devenind una dintre cele mai reprezentative așezări monahale din trecutul Moldovei. Biserica a fot prădată în mai multe rânduri:

  • la 4 mai 1633 niște tâlhari unguri au prădat Mănăstirile Neamț și Râșca
  • în 1671 este pustiită și jefuită de tătari
  • în 1674, tătarii aduși în Moldova de domnitorul Dumitrașcu Cantacuzino, pentru a-i sprijini domnia, pradă din nou mănăstirea
  • 1686, 1691, 1697 și 1716 sunt ani în care tătarii au pustiit iarăși mănăstirea, jefuind-o de multe odoare de preț

La începutul secolului al XVIII-lea, Mănăstirea Râșca începând să decadă și să devină pustie atât datorită prădăciunilor efectuate de tătari, cât și ca urmare a închinării Mănăstirii Probota în 1677 de către mitropolitul Dosoftei către Ierusalim. Deși era metoc al Probotei, călugării de la Mănăstirea Râșca nu recunosc această închinare, mănăstirea devenind de sine stătătoare, supusă doar Mitropoliei Moldovei.

În perioada stăreției egumenului Calistru Ene (1750-1778), mănăstirea începe să fie refăcută treptat. Biserica este reparată în anul 1766, dar nemaireușind să-și recupereze nici vechiul tezaur al odoarelor cu care fusese înzestrată și nici vechea arhitectură a clădirilor mănăstirești care au fost în cea mai mare parte reconstruite. Între anii 1798-1799, egumenul Chiril reface chiliile mănăstirești, apoi în anul 1815 egumenul Sofronie zidește un paraclis lângă egumenia veche, care este stricat apoi de egumenul Grigore Crupenschi.

Mănăstirea a fost prădată de către turci în anul 1821, „când numai zidul au rămas”. Pe vremea mitropolitului Veniamin Costachi (1803-1842), stareț fiind arhimandritul Isaia (1821-1842), în perioada 1823-1827, după cum arată și inscripția pusă atunci, s-au executat numeroase lucrări de renovare a bisericii. A fost dărâmat zidul despărțitor dintre pronaos și naos, ferestrele au fost lărgite fiind întărite cu gratii, intrarea sudică în pridvorul construit de Costea Băcioc a fost zidită, creându-se în schimb alta nouă pe latura vestică, iar vechea pictură a bisericii a fost refăcută. Totodată, s-a ridicat un pridvor mai mic lângă zidul vestic al bisericii și un proscomidiar la nordul altarului, iar între cele două turle vechi a fost construită o a treia, din lemn. Aceste din urmă adaosuri au fost înlăturate cu prilejul lucrărilor de restaurare a bisericii, care au urmat puternicului incendiu din 1921. De asemenea, el a pus să fie zugrăvite pe peretele nordic al pridvorului, tabloul ctitorilor: Petru Rareș și familia sa, precum și pe episcopul Macarie.

Tot în timpul egumenului Isaia s-au construit și actualele chilii de pe latura sudică și estică, lărgindu-se totodată și vechea trapeză din 1765.

Prin poziția ei retrasă, Mănăstirii Râșca i s-a dat și destinația de a fi închisoare pentru călugării vagabonzi și îndeosebi pentru boierii răzvrătiți împotriva domnitorului Moldovei. Din ordinul domnitorului Mihail Sturdza (1834-1849), în anul 1844, a fost închis timp de șase luni (22 iulie - 9 decembrie 1844), într-o încăpere din turnul clopotniță de la Râșca marele istoric și om de stat Mihail Kogălniceanu (1817-1891), surghiunit pentru vederile sale politice inovatoare. În perioada arestului său, el a fost păzit permanent de un sergent, un caporal și patru soldați. În această perioadă, Kogălniceanu a scris „Fragmente scoase din cronicile Moldovei și Valahiei, pentru a sluji la istoria lui Petru cel Mare, Carol al X-lea, Stanislav Lezinschi, Dumitru Cantemir și Constantin Brâncoveanu“, publicată la Iași în 1845, în două volume . La 100 de ani de la moartea sa, la 20 iunie 1991, a fost amplasată pe clădirea turnului clopotniță o placă de marmură care atestă acest fapt.

În anul 1872, s-au executat aici lucrări de reparații ale mănăstirii. S-au realizat acoperișurile cu bulb de pe turnul porții și de pe cuhne, s-a dărâmat pridvorul, s-a închis intrarea de pe latura de sud și s-a deschis intrarea dinspre vest și s-a repictat biserica.

În perioada marelui război pentru întregirea neamului (1916-1918), călugării din această mănăstire au mers ca infirmieri pe câmpul de luptă pentru îngrijirea răniților, iar chiliile mănăstirii au servit ca spital militar, îngrijit de călugării bătrâni, pentru ca "toți în acel vremuri grele pentru țară, ca buni români, să-și facă datoria" (după cum scrie pe o placă de marmură amplasată pe clădirea bisericii în anul 1931).

În anul 1921, în timpul starețului Pancratie Fasolă, a avut loc un mare incendiu care a ars acoperișul bisericii, casa de oaspeți și chiliile cu întreaga gospodărie, astfel încât mănăstirea era amenințată cu pustiirea. Din îndemnul și cu stăruința mitropolitului Pimen Georgescu al Moldovei (1909-1934), mănăstirea a fost refăcută între anii 1923-1931 prin munca și osârdia călugărilor, ajutați de popor și de autorități, fiind terminată reconstrucția celor distruse în anul 1931, în timpul stăreției arhimandritului Paisie Cozma. În memoria acestui eveniment a fost amplasată pe clădirea bisericii placa de marmură menționată anterior.

Noi lucrări de restaurare au avut loc la Mănăstirea Râșca între anii 1965-1968 și 1972-1991 prin purtarea de grijă a Mitropoliților Moldovei Iustin Moisescu și Teoctist Arăpașu deveniți ulterior Patriarhi ai României. Printre monahii care au viețuit aici menționăm pe monahii Antonie Plămădeală (viitor mitropolit al Ardealului) și Calinic Dumitriu (stareț al acestei mănăstiri între anii 1990-1991 și viitor episcop).

Printre odoarele bisericii, menționăm o părticica din moaștele Sfântului Nicolae, o părticică din moaștele Sfântului Serafim de Sarov și o părticică din lemnul Sfintei Cruci, donată de Biserica Ortodoxă Greacă .

English